汤姆和杰瑞的追逐仍在继续，但这回他们来到了一个充满新奇与挑战的现代化世界。第二季以汤姆误入一间高科技实验室的趣事拉开序幕。在那里，他意外地获得了超能力，成为了拥有敏捷身手和非凡智慧的“超级汤姆”。这本该令他如虎添翼，但汤姆却发现，控制这些能力并非一件易事。与此同时，杰瑞也迎来了一位新的同伙——科技天才小T。小T是一位可爱的机器人老鼠，拥有丰富的知识和高超的黑客技能。他决心帮助杰瑞，利用科技手段与汤姆展开一场势均力敌的较量。这一季的冒险升级，地点不再局限于家中。汤姆和杰瑞的追逐从闹市街头蔓延到太空深处，从古代遗迹跨越到未来都市。他们与新奇的生物相遇，遭遇从未想象过的挑战。在一次穿越时空的旅程中，他们遇到了文艺复兴时期的艺术家米开朗基罗，汤姆想学画技，而杰瑞则想偷师他的凿石本领。啼笑皆非的闹剧由此展开，令原本严肃的历史变得妙趣横生。另一集中，汤姆和杰瑞误入了一个虚拟现实世界，在那里，他们成为了游戏中的角色。他们需要克服重重关卡，才能逃离这个充满未知与危险的虚拟世界。这一季中，汤姆和杰瑞的恩怨情仇也迎来转机。在一次共同对抗强大敌人的过程中，他们发现彼此之间还有相互关心的情谊。最终，第二季在汤姆和杰瑞携手战胜邪恶力量的高潮中落幕。他们的追逐虽然仍在继续，但彼此的心中却多了一丝微妙的温情。
已完结