时隔三年，武林再掀江湖风云。昔日战神戚长征，勇闯天关，力克魔教教主司空星，扬名天下。然，此战令他元气大伤，流落江湖，隐姓埋名。三年后，戚长征伤势复原，重出江湖。彼时，魔教再起波澜，新任教主宇文成都野心勃勃，妄图称霸武林。与此同时，正派人士也为应对魔教威胁而暗中谋划。昆仑派掌门风清扬，收徒令狐冲，授其独孤九剑。丐帮帮主洪七公，寻觅传人，最终选中桃花岛主黄药师的徒弟郭靖。三派翘楚，天赋异禀，成为江湖中冉冉升起的新星。宇文成都得知正派意图，率领魔教大军围攻光明顶。正派人士集结群雄，前去迎战。一场正邪较量，一触即发。戚长征重返江湖，凭借高超武艺，力挽狂澜。令狐冲、郭靖等后起之秀也崭露头角，与魔教高手展开激烈的厮杀。光明顶大战，毁天灭地，血染苍穹。戚长征虽勇武过人，却寡不敌众，最终身负重伤，生死未卜。令狐冲与郭靖联手，奋勇杀敌，最终击退魔教大军。然而，宇文成都却趁乱逃脱，留下隐患。大战过后，正派人士元气大伤，魔教虽退，但余孽未除。戚长征失踪，令江湖中流言四起，人心惶惶。令狐冲与郭靖肩负重任，携手探寻戚长征下落，并追查魔教余党。江湖风云再次起，是正邪交锋，还是恩怨纠葛？长剑风云第二季，谱写一曲新的武林传奇。
已完结