漆黑的夜幕下，繁华的东京街头，一场危机正在悄然逼近。毛利小五郎在参加完一个聚会后驾驶着汽车返回家。突然，车窗外传来一声震耳欲聋的枪响，一颗子弹呼啸着擦过车身，险些击中小五郎。惊魂未定的他赶忙报警，却发现凶手已经销声匿迹。次日，柯南在调查中发现，这次枪击案并非偶然，而是蓄意针对毛利小五郎的暗杀行动。而凶手使用的狙击枪，竟是传说中失落多年的“X光透视狙击枪”，能够穿透障碍物，准确瞄准目标。追踪凶手的线索指向了一位神秘的男子——羽田浩司。羽田自称是毛利小五郎的弟弟，但他的身份却疑点重重。更令人震惊的是，警方查证后发现，羽田浩司在十年前就已经死亡。与此同时，枪击事件接连发生，政界要员和知名人士纷纷成为目标。柯南和毛利父子联手，利用他们的推理能力和调查技巧，试图找出幕后黑手。随着调查的深入，一个惊天动地的阴谋浮出水面。凶手是一群妄图颠覆政权的恐怖分子，他们利用“X光透视狙击枪”，远程刺杀目标，制造混乱和恐慌。而羽田浩司的出现，正是为了掩盖他们的身份和行动。时间紧迫，柯南和毛利父子必须在恐怖分子实施更大的阴谋之前阻止他们。他们利用自己的智慧和勇气，引诱凶手现身，并展开了一场惊心动魄的追逐战。在东京摩天大楼林立的阴影中，一场殊死较量即将上演。柯南的小小身影，却肩负着守护城市安危的重任。在与时间的赛跑中，他能否识破凶手的诡计，揪出隐藏在幕后的黑手？
已完结