时钟从未停止，十二猴子军团依然蠢蠢欲动。第二季开启了时间漩涡的新旅程。詹姆士·科尔穿越混乱的时空，降落在一个陌生的1957年。世界笼罩在核爆末日的阴云之下，而秘密社团“未来军团”暗影潜行。科尔与医师卡珊德拉·拉莉再度结盟，共同对抗命运的齿轮。在探索1950年代的过去和1944年的未来时，他们发现了惊人的秘密。时间旅行者阿伦·马基已被未来军团俘虏，其记忆被植入了破坏时空的关键信息。随着调查深入，科尔和卡珊德拉发现了“12只猴子”的真实目的：操纵时间，创造一个由未来军团控制的乌托邦。与此同时，科尔意识到，他与未来军团有着无法言说的联系，而他的存在本身就是一场精心策划的阴谋。时间线交织，过去和未来相互纠缠。科尔和卡珊德拉不得不与时间赛跑，阻止未来军团的邪恶计划。然而，随着真相的逐步揭开，他们发现，时光之河比想象中更加复杂多变。在第二季中，科尔和卡珊德拉经历了更为惊心动魄的冒险。他们与时间旅行者结盟，对抗强大的敌人，同时探索时空的本质和命运的不可预测性。而随着时间的流逝，他们发现，拯救世界与牺牲自我之间，往往只有一线之隔。在一次次时空穿梭中，科尔和卡珊德拉见证了人类文明的兴衰，也领悟到了时间的力量和责任。他们必须作出艰难的选择，以确保未来的命运不被黑暗吞噬。
已完结